Ediční řada Dílo Tomáše Špidlíka zahrnuje tyto svazky:
I. Spiritualita křesťanského Východu. Systematická příručka, 2002, 616 stran.
II. Spiritualita křesťanského Východu. Modlitba, 1999, 560 stran.
III. Ruská idea. Jiný pohled na člověka, 1996, 416 stran.
IV. Mnišství v tradici křesťanského Východu, 2004, 400 stran.
V. Živé slovo, 1997 edice Současné otázky 5., 512 stran; 2000, 648 stran.
VI. Prameny světla, 1995 edice Současné otázky 3., 416 stran; 2000, 536 stran.
VII. Ignác z Loyoly a spiritualita Východu. Průvodce knihou Duchovní cvičení svatého Ignáce z Loyoly, 2001, 172 stran.
VIII. Svatá Melánie. Úsvit nových dějin, 2004, 168 stran.
IX. Ignác – starec, 2005, 116 stran.
X. Znáš Boha Otce, Syna i Ducha svatého?, 2005, 178 stran.
XI. Liturgické meditace na celý rok, 2006, 6 svazků, 1556 stran.
XII. Duchovní cvičení s Janem Pavlem II., 2007, 252 stran.
XIII. Věřím v život věčný. Eschatologie, 2007, 252 stran.
XIV. Vatikánské promluvy B (2008–2009), 2008, 208 stran.
XV. Vnitřně zakoušet. Eseje pro duchovní cvičení, 2009, 392 stran.
XVI. Vatikánské promluvy C (2009–2010), 2009, 248 stran.
XVII. Vatikánské promluvy s humorem, 2010, 224 stran.
XVIII. Řehoř Naziánský. Úvod ke studiu jeho duchovní nauky, 2010, 332 stran.
XIX. Vatikánské promluvy A (2010–2011), 2010, 260 stran.
XX. Vatikánské promluvy B (2011–2012), 2011, 240 stran.
XXI. Vatikánské promluvy C (2012–2013), 2012, 260 stran.
XXII. Kardinál Tomáš Špidlík SJ – starec a teolog nerozdělené církve. Kompletní bibliografie 1938–2011, autor Pavel Ambros, 2012, 760 stran,
XXIII. Integrální poznání. Symbol jako nejdokonalejší výpověď, 2015, 280stran.
XXIV. Svatý rok milosrdenství. Průvodce na každý den, 2015, 408 stran.
XXV. Z pokladnice otců, 2019, 464 stran.
XXVI. Sofiologie Bazila Velikého, 2021, 448 stran.
XXVII. Ruští mystici, 2021, 416 stran.
Dále v nakladatelství Refugium vyšlo:
Slovo a obraz, 1995, edice Slovo a obraz, 82 stran.
Cesta Ducha, 1995, edice Současné otázky 1., 154 stran.
Znáš Krista?, 1998, edice Současné otázky 6., 72 stran.
Znáš Ducha svatého?, 1998, edice Současné otázky 7., 72 stran.
Znáš Boha Otce?, 1998, edice Současné otázky 9., 96 stran.
Jak očistit své srdce?, 1999, edice Současné otázky 10., 96 stran.
Pouť ve Svatém roce 2000, 2000, edice Hlas Velehradu 9., 32 stran.
My v Trojici, 2000, edice Současné otázky 12., 148 stran.
Profesor Ulipispirus a jiné pohádky, 2000, 2001, Edice Slovo a obraz 4., 84 stran.
Umíme se modlit?, 2001, 2008, edice Hlas Velehradu 11., 72 stran.
Bajky. O moudré sově, 2003, edice Slovo a obraz, 60 stran.
Eucharistie. Lék nesmrtelnosti, 2005, edice Současné otázky 20., 96 stran.
Duchovní jednota nové Evropy, 2007, edice Hlas Velehradu 18., 80 stran.
Apoštol národů svatý Pavel, 2008, edice Současné otázky 26., 92 stran.
Katecheze o církvi, 2008, edice Současné otázky 27., 96 stran.
Vědy – umění – náboženství. Protiklad nebo soulad?, 2009, edice Současné otázky 31., 148 stran.
O povolání. Několik užitečných úvah, 2011, edice Současné otázky 35., 104 stran.
Mariánská úcta v tradici křesťanského Východu, 2018, edice Současné otázky 57., 80 stran.
Otčenáš, 2019, edice Současné otázky 67., 164 stran.
Matka Boží, 2020, edice Současné otázky 74., 80 stran.
Na druhém břehu. O posledních věcech člověka, 2022, edice Současné otázky 83., 64 stran.